1903年学生开展拒俄运动，是我国近现代史上大学生爱国运动的开始。4月30日，因闻俄国强占东北三省，以师范馆学生为首的京师大学堂学生“鸣钟上堂”举行集会，要求政府“力拒俄约，保全大局，展布新政，以图自强”，声讨沙俄侵略，掀起爱国学生运动；5月11日，师范馆全班学生发表请政务处代奏书，请旨拒俄约，这是请求清政府政务处呈给慈禧太后和光绪皇帝的奏章，并把奏章内容公开发表，一面又函电各省要求响应。俞同奎等积极参加了这一活动。

京师大学堂增设进士馆、医学实业馆等。2月8日，清政府增派荣庆为管学大臣，会同张百熙管理大学堂事务。2月，京师大学堂在李阁老胡同添设进士馆，令新进士等入学肄业。后来仕学馆和进士馆合并，改为政法学堂。5月，京师大学堂增设医学实业馆，招生数十人，授中西医学，校址在后门太平桥。6月27日清政府准张百熙奏请，命张之洞会商张百熙、荣庆共同管理大学堂事宜。10月部分译学馆学生转入仕学、师范两馆就读。至此，京师大学堂师范馆195人、仕学馆78人。

师范馆31人等出国留学，是我校首次派遣出国的留学生。12月21日管学大臣张百熙力排众议，上《奏派学生前往东西洋各国游学折》，称：“自开学以来，将及一载，臣等随时体察，益觉资遣学生出洋之举，万不可缓。诚以教育初基，必从培养教员入手，而大学堂教习，尤当储之于早，以资任用。”奏派学生47人赴东西洋各国留学，学习专门知识，以备将来学成回国充任大学教习。余棨昌等31人被派往日本，俞同奎等16人被派往西洋各国，学期约以7年为率。其中31人为师范馆学生，张百熙曾亲自到前门车站给学生送行。